La Secretaría de Desarrollo Agropecuario Rural e indígena, tiene sus orígenes en el año de 1993, cuando existían la Secretaría de Fomento Agropecuario y Forestal y la Secretaría de Comercio y Fomento Industrial (SECOFI) de Quintana Roo; las cuales emanan de la Ley Orgánica de la Administración Pública.

En 1995, por iniciativa del Ejecutivo Estatal se fusionan ambas instancias dando lugar a una nueva Secretaría, de acuerdo a la Ley Orgánica de la Administración Pública que en el decreto número 100 publicado el 17 de marzo de 1995, deroga la existencia de las Secretarías mencionadas al inicio y da origen a la Secretaría de Promoción Económica y Desarrollo Rural (SEPEDER).

Con el fin de establecer y regular la organización y funcionamiento de la Administración Pública Central y Paraestatal del Estado de Quintana Roo, con fecha 8 de septiembre de 2000, es aprobada la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado, la cual contempla la creación de la SECRETARÍA DE DESARROLLO AGROPECUARIO RURAL E INDÍGENA, emanada de la escisión de la Secretaría de Promoción Económica y Desarrollo Rural.

La SECRETARÍA DE DESARROLLO AGROPECUARIO RURAL E INDÍGENA, toma su fundamento legal en la Ley Orgánica de la Administración Pública, en su Decreto No. 45, publicado el 8 de septiembre de 2000.